Elbegdorj được sinh ra trong một gia đình du mục tại sum Zereg thuộc tỉnh Khovd vào ngày 30 tháng 3 năm 1963. Cha ông là, M. Tsakhia, từng là một người lính trong cuộc xung đột biên giới với Đế quốc Nhật Bản vốn dẫn đến chiến dịch Khalkhyn Gol. Elbegdorj hoàn thành tám năm học tại sum vào năm 1979. Sau đó, gia đình ông chuyển đến Erdenet, và tốt nghiệp tại trường Số 1 của Erdenet năm 1981.[2]

Năm 1981/82, ông làm việc tại mỏ đồng Erdenet với vai trò thợ máy, đến năm 1982 ông đi nghĩa vụ quân sự. Được đứng đầu một đội trong Đoàn Thanh niên Cách mạng trong quân đội, ông được cử đi học tập để trở thành nhá báo và lý luận Mác-Lênin tại Học viện Chính trị Quân sự Liên Xô tại Lviv (Ukraina) từ năm 1983.[3] Ông tốt nghiệp năm 1988 và sau đó làm việc tại báo quân đội Mông Cổ Ulaan Od (Sao Đỏ).[2]

Sau nhiệm kì đầu làm thủ tướng, ông giành một năm học tập tại Trường Kinh tế của Đại học Colorado tại Boulder, và nhận được văn bằng vào năm 2001. Sau đó Elbegdorj dành thời gian nghiên cứu chuyên sâu tại Đại học Harvard và đã tốt nghiệp Trường Lãnh đạo John F. Kennedy của Đại học này với một tấm bằng Thạc sĩ Hành chính công (MPA) năm 2002.[4][5]